在使用多參數水質檢測儀檢測水質過程中，能夠影響水質檢測的因素主要有來源因素和類別因素。首先是來源因素，在平時的工作中，有時候工作人員會將需要檢測的水質樣品的來源弄錯，這樣就會導致無法正確的進行水質結果分析，從而導致無法提供解決問題的方法。其次針對不同的水質樣品，應該在多參數水質檢測儀上選擇不同的參數檢測方法。比如地面水質與地下水質所使用的檢測方法就大不同。通過對水體的水位、流速和流向的變化及沿岸城市分布、工業布局、污染源及其排污情況、城市給排水情況等可對地面的水質進行初步的采樣。但是地下水質的采集就不適用于這種方法，它需要根據水質區域內的城市發展、工業分布情況、土地利用率等情況來進行水樣收集。假如沒有正確認識到各類水質的差別，就會影響水到質檢測的結果的正確性。